Barkskins følger en gruppe meget forskellige udskud og drømmere, som kæmper for at undslippe deres fortid, mens de navigerer i nybyggerlivets brutale trængsler, modstridende interesser og indviklede loyaliteter, hvor civilisationer mødes.
I seriens første afsnit ankommer en båd til Wobik med kontraktbundne trælle og Filles du Roi. Trepagny rejser ind til byen for at hente sine nye mænd. Melissande og Delphine er blandt de Filles du Roi, som er blevet forberedt på deres skæbne af Moder Sabrine. I mellemtiden afhører Hudson's Bay-betjentene Goames og Yvon kroværten Mathilde om begivenhederne omkring en nylig tragedie ved åen.
Efter at være undsluppet kontraktbunden trældom befinder Duquet sig alene i den enorme og utæmmede skov i New France. Goames overdrager beskyttelsen af de overlevende fra massakren ved åen til Mathilde. Mari beder Sel om hjælp til at afsløre Trepagnys hemmelighed. Gus får sin søn med i en snedig plan for at rette op på sit udestående med Cooke.
Mens hun kommer sig efter sit overfald rydder Mathilde op i kroen og åbner sin forretning igen. Trepagny slutter sig til de udvalgte mænd fra Wobik, da de formelt introduceres til Filles du Roi i løbet af en aften med morskab og pardannelser. I mellemtiden kommer Sel til at arbejde på Trepagnys planer, og Duquet forsøger at bevise sit værd til en ny mester.
Iroquoisene kommer til Wobik for at hente deres døde. Trepagny tager Melissande med tilbage til Doma, mens Delphine begynder sit nye liv med Pierre Gasquet. Goames og Yvon rejser til Quebec for at søge svar hos kaptajn Wale fra Hudson's Bay Company. Mathilde modtager et usmageligt tilbud. Sel møder de andre beboere i skovene i New France.
Mathilde opfordrer Bouchard til at genetablere sin autoritet i Wobik, før Nicolas de Fers ankomst. Cooke bliver stillet til ansvar for Gus LaFarges sjuskede arbejde på kroen. Trepagny anmoder Wendats om hjælp til en farlig redningsaktion. I mellemtiden møder Mari Melissande for første gang, og Delphines skæbne ændrer kurs.
Trepagny og Bouchard ansporer til krig mod Iroquois, da de forsøger at redde Sel og Fader Gabriel fra deres fangenskab. Mens mændenes skæbne hænger i en tynd tråd, rejser Melissande i sikkerhed bag Wobiks mure og bliver genforenet med en gammel ven. Cross viser Goames og Yvon, hvordan han planlægger at forlade Hudson's Bay Company. Cookes loyalitet til hans afdøde kone bliver sat på prøve.
Trepagny bliver genforenet med Melissande, som fortsat er bekymret over truslen fra Iroquois. Mathilde opfordrer Delphine til at vedligeholde Cookes interesse. Sel og Duquet mødes for første gang, siden Duquets flugt fra Trepagnys kontrakt. Cooke får til opgave at hente de døde præster og delegeret Guy fra stedet for slaget.
Med vinteren på vej begynder forberedelserne til Trepagny og Melissandes bryllup. Melissande finder på en løsning for Mari, der ville give hende lov til fortsat at bo på Trepagnys Doma. I Wobik udforsker Delphine og Cooke mulighederne for en fremtid sammen over Cookes berømte lavendel og honningte. I mellemtiden indgår Duquet en aftale med Goames, der kunne blive enden på Wobik.
