Middelhavets helte er en rejse til det spanske Middelhav med Manu San Felix og Paul Rose fra Pristine Seas Expedition på to forskellige tidspunkter. To parallelle historier vises – én i år 2030 og den anden mellem 2017 og 2018. For at forstå den nuværende situation i Middelhavet samt områdets fremtid vil programmet klippe frem og tilbage mellem de to tidspunkter.