השימוש הנורא ביותר שהיה למערכת מסילות הברזל של הנאצים היה סיוע במימוש הפתרון הסופי. היטלר והימלר השתמשו ברכבות כדי להעביר יהודים אל מחנות הריכוז ואל מותם.