I "Oldtidsmenneskenes hemmeligheter" kombinerer man urgamle mysterier med moderne teknologi. Noen av verdens fremste eksperter må løse flere tusen år gamle gåter der dødsårsaken kan ha vært en ulykke, drap, selvmord og selv rituell ofring. Med hår, hud, klær og godt bevarte forhistoriske kropper fra isbreer og myrer, er det som om tiden har stått stille.
I fjellene i Nord-Italia er et grusomt funn gjort av et par fjellklatrere. I en nesten uoppnåelig del av verden finner man menneskelige levninger som stikker ut fra en isbre. Disse restene viser seg å være de av den eldste ismumien som noen gang er funnet. Forskere er sjokkert over mannens dødsårsak og innser at de etterforsker et drap som er tusenvis av år gammelt.
Menneskelige levninger blir oppdaget nær Croghan Hill, Irland, et sted hvor gamle konger en gang ble kronet. Etterforskningen tar en vending når myndighetene innser at liket ikke er en nåværende savnet person eller et drapsoffer, men et som er tusenvis av år gammelt. Mens arkeologer undersøker levningene, utspiller det seg en historie som avslører det grufulle drapet på en konge.
To kropper blir oppdaget nær byen Weerdinge, Nederland, mens lokalbefolkningen trekker konklusjoner om at likene tilhører en mann og kvinne som sannsynligvis er forent i liv og død. Men etter hvert som forskerne dykker dypere inn i mysteriet til disse menneskene, avdekkes flere detaljer sammen med en overraskende vri på kroppene av to ubeslektede menn. Hvem var disse mennene?
Når de menneskelige levningene av en kvinne blir avdekket nær Vejle, Danmark, begynner en arkeolog å beskrive en fantastisk historie om hvem hun var og hvorfor hun ble myrdet, og knytter henne til eldgamle sagaer og til og med kong Harald Blåtann! Men etter hvert som arkeologistudiet utvikler seg, har en rivaliserende arkeolog en annen teori om hvis kropp dette er.
Ved Silkeborg i Danmark finner utgravere et menneskehode i torven. Politiet er raskt på plass for å identifisere vedkommende og kobler funnet til en savnet gutt i området, men en oppmerksom politimann ser at kroppen er mye eldre enn den savnede personen og ber museet om å etterforske saken. Under undersøkelsene avdekker man et godt bevart menneske i en interessant og fredelig stilling.
Levninger av et menneske blir fjernet fra dypet i en torvmyr nær Yde i Nederland. Noen av de lokale tror det er djevelens verk. Ildrødt hår kommer ut av jorden, og de flykter i redsel. Men når arkeologene studerer levningene nærmere, innser de at de tilhører en ung kvinne, og hennes død er mer skremmende enn de kunne forestilt seg.
En tysk by er i sjokk etter at lemlestede, ugjenkjennelige levninger av et menneske kommer for dagen. Den knivstukkede, oppbankede og hodeløse kroppen blir funnet tre meter fra hodet. Når arkeologene gjør videre undersøkelser, avdekker og eliminerer de historier om gjengangere, og avslører i stedet deler av menneskets historie og bevis på menneskeofringer i oldtiden.
En arkeolog legger ut på en 6705 meters tur til toppen av et argentinsk fjell nær en aktiv vulkan, og oppdager små bylter skjult i jorden. Dette er levninger av barn, perfekt bevart som om de sover. Hvem er disse barna, og hvordan mistet de livet så langt hjemmefra?
