Hjältarna på medelhavet visar en resa till Medelhavet vid Spanien vid två olika tidpunkter med Manu San Felix och Paul Rose från Pristine Seas Expedition. Två parallella historier äger rum i programmet - en år 2030 och den andra mellan 2017 och 2018. I programmet växlar de mellan dessa två tidpunkter för att förstå den nuvarande situationen på Medelhavet.