Oktober 1944. Efter at blive tilskrevet det første officielle ubådsdrab i Anden Verdenskrig bliver den tyske ubådskommandant Gunther Prien pludselig hjemkaldt før tid og tilbudt en hemmelig mission om at ramme den britiske flåde i hjemhavnen Scapa Flow. Efter at kæmpe mod kraftige strømme og undvige blokskibe bryder Prien gennem forankringen, men der er ingen garanti for, at han kommer ud igen.
September 1939. Den tyske ubådskommandanten Fritz Julius Lemps liv tager en række dramatiske vendinger, da han risikerer Adolf Hitlers vrede med en torpedosalve, der synker passagerskibet SS Athenia ved et uheld, og derefter kommer i klammeri med den britiske transportørgruppe, da Tyskland forsøger at forhindre USA i at gå ind i krigen på Storbritanniens side.
December 1944. En tysk ubådskommandant foretager en hidtil uset rejse for at angribe den allierede skibsfart ud for Australiens kyst. Julemorgen kæmper et skyttehold fra et handelsskib tilbage og ødelægger en torpedo, der er på vej mod deres skib. Men som ubåden vender rundt for at foretage endnu et skud, kan de holde skansen indtil, der kommer hjælp?
Juli 1944. Efter en skuffende angrebsoperation bryder en amerikansk ubådskommandant gennem forsvaret hos en japansk konvoj i Luzon-strædet. Under konstant trussel fra konvojens ledsagere undgår ubåden fjendens ild og lancerer en række angreb. Men da deres torpedorør er tomme, risikerer den forsvarsløse besætning alt for at blive i kampen.
Februar 1943. Efter at have skudt tre destroyere i sænk i den japanskbesatte havn Kiska i Alaska tager en amerikansk ubåd kampen videre til det sydlige Stillehav. På en stormfuld aften lokaliserer de et japansk skib og cirkler rundt om det for at angribe. Regn og mørke skjuler deres mål - og kommandanten opdager for sent, hvor tæt på fjenden er.
Da de allierede bruger hangarskibe til at bringe ødelæggelse til det japanske imperiums højborge viser det sig, at fly og piloter er sårbare. Kun et slags fartøj har en chance for at snige sig ind, komme op til overfladen og gennemføre redningsaktioner i fjendens farvand. Da Submarine Lifeguard League mobiliseres, risikerer amerikanske ubåde alt for at redde de nedskudte piloter.
